波多黎各主要有3個國際機場，最主要的是圣胡安國際機場，到達波多黎各的方式幾乎都是乘機到達路易斯·穆尼奧斯·馬林國際機場。
位于圣胡安市的路易斯·穆尼奧斯·馬林國際機場（英文名：Luis Munoz Marin International Airport；三字代碼：SJU；四字代碼：TJSJ）距離市中心5公里，海拔高度為3米（9英尺），機場主要有兩條跑道。是美國航空和美國航空的樞杻港。圣胡安機場除了運營國內國際定期航線外，也提供包機服務和貨運服務。現今，圣胡安市成為捷藍航空公司的重點通航城市，機場新建的A號航站樓運營的日常航班達到27個班次，因此，捷藍航空也成為了波多黎各最大的航空運營商；而美國航空在機場的日常航班達到25個班次，繼捷藍航空之后成為圣胡安機場第二大航空運營商。圣胡安國際機場服務的國內航班主要往返于北卡羅來納州和波多黎各當地其他城市，使之成為連接美國與波多黎各的最主要的國際門戶。
波多黎各空運之廣州空運至圣胡安航班信息：
廣州（CAN）-臺北（TPE）-邁阿密（MIA）-目的機場，頭程CI0522(周12456，起飛時間：17:30，到達時間：19:30，機型B777)CI5896(周47，機型B747F),二程周1356，機型B747F貨機，三程與M6聯運。航班天天，時效5-7天。
波多黎各空運之深圳空運至圣胡安航班信息：
深圳（SZX）-臺北（TPE）-邁阿密（MIA）-目的機場，頭程CI528(周13457，起飛時間:17：30到達時間:19：15，機型B744,)CI5928(周345，起飛時間:04：00到達時間:05：40,機型B747-400F）,二程周1356，機型B747F貨機，三程與M6聯運，航班一三四五七，時效5-7天。
深圳（SZX）-辛辛那提（CVG）-邁阿密（MIA)-目的機場,辛辛那提（CVG）卡車中轉到邁阿密（MIA)（已含卡車轉運費2.6/KG），最低卡車轉運費572.頭程PO935(起飛時間:01：40，到達時間:06：25,機型B747-D5400F)，后段經邁阿密(MIA)與M6聯運。航班二三四五七，7天左右。
深圳（SZX）-仁川（ICN）-目的機場,頭程ZH，二程美國達美航空，航班天天。時效7天左右。
波多黎各空運之上海空運至圣胡安航班信息：
美國噴氣國際航空公司。從上海出發至邁阿密貨機中轉，路線：頭程CA航空，航班2357，航線：PVG-ORD-MIA-目的地間，卡車中轉至邁阿密（MIA）接二程M6航空直飛，航班周二周五，機型B727F。航班二三五七，7天左右。
頭程：航班號PO998，起飛時間20：45降落時間19:50，機型B747-200，航班D1234；航班號PO214，起飛時間04：15，降落時間08:50，機型B747-200，航班567，二程接M6航空，航班D123456。航班天天，時效7天左右。
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